la tua teoria è giusta se all'interno della ps3 ci fosse il chip della 2, invece in pratica la ps3 emula la ps2 di conseguenza alcuni "codici" non vengono letti in maniera corretta o non è possibile leggerli di conseguenza fanno bloccare o non partire direttamente i giochi.
usando il pc come esempio certi giochi se cambi alcune peculiarità non partono e il motivo può non essere solo a livello hardware ma anche software vedi sistema operativo usato oppure usando emulatori appositi si riescono a far partire giochi studiati anche per altre piattaforme e normalmente non compatibili (esistono emulatori di varie console stile psone o GameBoyAdvance)